怀孕三个月做彩超检查，是只能发现部分胎儿畸形的问题，而不是全部。怀孕三个月时，宝宝毕竟是太小了，这么早的检查只是有可能发现一部分很明显的严重的畸形问题，比如严重的心脏发育畸形或者是脊柱发育畸形或者是无脑儿等头颅发育畸形的问题。尤其是在怀孕20~26周的时间做大排畸的四维检查，是能够发现大部分的畸形问题。也有一部分畸形问题是在孕晚期的彩超检查中发现的。

胎儿畸形，包括很多种类型，有可能是严重的，甚至危及胎儿生命的畸形，也有可能只是轻微畸形。对于胎儿畸形的处理，需要根据畸形的具体类型，和严重程度区别对待。1、21-三体综合征、18-三体综合征等，染色体异常性疾病，引起的胎儿畸形，一般都是多发性畸形，孩子出生以后，不仅有体格发育畸形，同时也会存在智力发育严重障碍。一旦确诊患有这样的先天性疾病，就应当及时终止妊娠。2、唇裂、腭裂等畸形。如果单纯表现为这样的畸形，出生以后，通过适当的手术治疗，可以得到矫正，也可以正常出生。3、先天性心脏疾病。如果孩子患有单纯的室间隔缺损、房间隔缺损等心脏疾病，也可以出生。如果患有复杂的先天性心脏疾病，则需要终止妊娠。

一些比较特殊的畸形，消化道畸形或泌尿系统畸形，孕妇可能出现羊水过多或过少，胎儿过大或过小，但出现这些症状不一定就确诊为胎儿畸形。因为怀孕早期，胎儿发育畸形多数是由于严重遗传缺陷所致，大都不能形成完整的胚胎，导致胚胎在孕妇体内早期死亡吸收或自然流产。如果是在怀孕早期，胎儿畸形可能会出现流产的症状，如阴道出血，腹痛等。如果是在孕中晚期，胎儿出现畸形，孕妇一般是没有什么症状的。