三个月宝宝大便有粘液有可能是乳糖不耐受、胃肠功能紊乱、肠道感染等原因导致的。

1、乳糖不耐受：牛乳或者是母乳当中的糖类主要是乳糖，如果宝宝缺乏分解乳糖的酶，可能会出现大便有粘液的症状。建议带孩子到医院进行全面的检查，明确是否有乳糖酶缺乏的情况，如果有，可以在医生的指导下服用乳糖酶进行调理，缓解宝宝大便有粘液的症状。

2、胃肠功能紊乱：如果宝宝的大便粘液不是特别明显，而且食欲也比较好，也没有出现呕吐，恶心，腹胀腹痛等症状，一般是不需要特殊治疗的，可能是由于宝宝发生了轻微的胃肠功能紊乱。只是要适当的注意腹部保暖，避免着凉，同时也要减少喂奶的次数。

3、肠道感染：但是如果宝宝的大便粘液比较明显，同时伴有大便次数增多、腹泻、腹胀等症状，需要注意宝宝是否由于肠道感染，出现消化不良的症状，常见的是胃肠炎、肠炎等，建议最好到当地正规的医院通过大便常规等相关的检查，如果大便常规显示有白血球增高的情况，通常是提示肠道有感染，可以在医生的配合指导下合理的服用抗生素进行治疗，如头孢克肟、头孢曲松等。