复杂性肛瘘是指有2个或以上内口或外口，有2条以上瘘管或支管、盲管的肛瘘。复杂性肛瘘在肛瘘治疗中最为棘手，因其发病的原因和形式多样。临床表现为：1.流脓，肛门间歇性或持续性流脓。2.肿痛，—般无疼痛感，仅觉肛门口坠胀或坠痛，当脓液引流通畅后肿痛马上减轻。有时可因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。复杂性肛瘘是可以治好的，临床通过指针、碘油造影、肛管彩超及核磁准确找到痔疮内口，正确处理主管道及支管道，可以达到痊愈，且复发几率不高。

肛瘘是只肛周脓肿自溃或切开后所遗留的腔道，一般由原发性内口、瘘管、继发性外口三部分组成，所以肛瘘跟肛周脓肿是一个疾病的两个阶段，首先是肛周脓肿，然后脓肿的脓放掉以后形成了肛瘘，一般肛周脓肿到肛瘘的形成时间一般要两到三个月，也就是说肛周脓肿的脓破溃以后，一般到三个月以后可以形成肛瘘。

一般肛瘘的发生都是由于肛门直肠周围脓肿或者是有感染后自己溃破了，或者由医生做了引流以后捅开一个口慢慢愈合了以后，里边会形成一个窦道，那么肛门周围的皮肤跟肛门连通起来，这个情况就叫肛瘘。还有就是一些其他的因素，比如说产伤，生孩子的时候肛门周围扩约肌撕裂了也可以引起皮肤跟肛门的连通，还有医生治疗痔疮的时候或者说做其他治疗的时候，也有可能造成这种医源性的损伤引起肛瘘。