如果胃溃疡出现穿孔，要及时就诊，而且可能要进行必要的手术，手术可采取开腹或腹腔镜进行修补，修补后再给予一些抑酸药及抗炎药物治疗，这样胃溃疡的穿孔才能够痊愈。经过包括奥美拉唑在内的质子泵抑制剂，同时使用胃黏膜保护剂治疗，6~8周后，绝大部分胃溃疡患者的溃疡均可愈合。胃溃疡和胃穿孔相比，胃穿孔更为严重，胃溃疡指的是胃粘膜的局限性圆形或椭圆形的全层粘膜缺损。

胃溃疡给予胃三联的药物治疗，主要是针对幽门螺旋杆菌感染的情况而给予治疗。第二类药物是胃肠黏膜保护剂，可以使用枸橼酸铋钾，也可以使用硫糖铝片等，这些药物能够在胃黏膜表面形成一层保护屏障，避免不利因素对胃黏膜的损伤，同时也可以促进胃黏膜的自我修复，第三类药物是抗炎药物，在胃溃疡时往往伴有幽门螺杆菌的感染，此时可以使用阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑或左氧氟沙星等抗生素来进行治疗。对轻中度的胃溃疡患者可以在医生指导下采取三联疗法的，所谓三联疗法主要是三种药物来联合治疗胃溃疡，可以使用质子泵抑制剂，例如雷贝拉唑胶囊，这是抑制胃酸分泌的药物，另外使用胶体果胶铋，这是胃肠黏膜保护剂，可以保护胃黏膜免受不良因素的进一步损害，能够促进胃黏膜的自我修复，此外就是敏感抗生素来进行治疗，在三联疗法时最常用的就是克拉霉素。

如果未针对患者幽门螺旋杆菌进行治疗，或者患者幽门螺旋杆菌存在耐药情况，或者抗感染治疗的疗程不足，则容易导致患者胃溃疡及十二指肠溃疡反复发作。幽门螺旋杆菌的反复感染，不利于胃十二指肠溃疡的治愈。胃溃疡和十二指肠溃疡总是不好，要注意明确是否已经去除了引起溃疡的诱因。