牙龈根部肿痛可能是由多种原因引起的，以下是一些常见的原因：

1. 牙周病：牙周病是由于牙菌斑堆积在牙周组织中引起的疾病，症状包括牙龈肿胀、出血、疼痛等。

2. 口腔感染：口腔感染也可能导致牙龈肿痛，如龋齿、牙周炎等。

3. 缺乏维生素B12：缺乏维生素B12会导致贫血和其他健康问题，这可能会影响到牙龈的健康。

4. 口腔疾病：一些口腔疾病，如牙周炎、口腔溃疡等也可能导致牙龈肿痛。

如果您的牙龈根部肿痛持续时间较长或伴随其他症状，建议尽快就医，以便进行诊断和治疗。同时，保持良好的口腔卫生习惯也很重要，包括刷牙、使用漱口水等。