生殖系统的沙眼衣原体体阳性的患者以青少年为主，感染后可引起化脓性的宫颈炎，阴道炎，尿道炎或者上行感染，引起急，慢性输卵管炎，盆腔炎症。沙眼衣原体引起的疾病中比较常见的是沙眼，多发于儿童青少年期，急性期可以表现为眼睛的疼痛，异物感，黏液脓性分泌物。在感染之后引发的疾病主要表现为沙眼，包涵体性结膜炎，泌尿系统感染，各种妇科炎症等。沙眼衣原体阳性，往往说明机体已经感染上了沙眼衣原体。

沙眼衣原体可以通过间接的方式进行传播，如共用浴巾、卫生间等，但是间接传染的机率很小，当女性怀疑有阴道沙眼衣原体感染时，建议做阴道分泌物的化验检查，化验有无沙眼衣原体的感染，一旦确诊患沙眼衣原体性阴道炎，建议立即给予药物治疗。女性沙眼衣原体阳性可以通过多种方式引起，最常见的方式为性传播，在进行性生活之后，如果男方患有沙眼衣原体，就会导致女性感染沙眼衣原体。如果没有接受治疗，很有可能进一步发展为盆腔炎症，注意在治疗的过程中，避免进行性生活，以免反复感染影响疾病的治疗。

沙眼的瘢痕会造成很多后遗症，比如眼睑内翻、倒睫导致眼睛干燥，导致角膜上皮出现混浊状态，还有可能出现沙眼性的慢性泪囊炎。急性期过了以后，沙眼好像是症状减轻了，实际上是形成了瘢痕组织，出现了沙眼瘢痕，这时不叫自愈，只是由急性期转入了慢性的瘢痕性过程。沙眼是否会自愈，沙眼不会自愈，沙眼的发生、发展有一个过程，在急性感染期会出现眼睛充血、有分泌物，眼睛会痒、会疼。