新生儿眼睛一个大一个小可能是由于多种原因引起的，包括遗传因素、眼球发育不对称以及神经肌肉控制问题等。治疗方法主要包括观察、规律检查和可能的手术干预。

1、遗传因素：眼睛的大小和形状可以受到遗传基因的影响，家族中有人存在不对称眼睛大小，新生儿也可能遗传这种特征。该情况一般不严重，不需要特别治疗。

2、眼球发育不对称：在胎儿发育过程中，眼睛的生长和发育可能不完全对称，可能是由于胎儿在子宫中的姿势或外部因素的影响所致。在新生儿的早期阶段，眼球发育仍在进行中，可能会自行纠正。

3、神经肌肉控制问题：新生儿的神经系统和肌肉控制可能还不够成熟，导致眼球运动不协调，进而影响眼睛的大小。必要时需要进行手术治疗，手术可以通过调整眼球的大小或矫正肌肉控制问题来改善眼睛的对称性。

此外，眼部感染、眼睑肿胀、眼肌功能障碍或眼球运动异常也可能导致该情况，建议尽早就医，及时治疗。