黄芩和蓝芩口服液的区别，主要表现在性质不同、功效不同、治疗的疾病不同。

1、性质不同：黄芩属于一种中草药；蓝芩口服液属于一种中成药。

2、功效不同：黄芩具有清热燥湿的功效，也具有泻火解毒的作用；蓝芩口服液具有解毒消肿的效果，也具有利咽消肿的作用。

3、治疗的疾病不同：临床上黄芩可以用于治疗上火引起的不适现象，比如咽喉肿痛、口舌生疮；而蓝芩口服液常常用于治疗风寒感冒引起的不适现象，比如咳嗽、咳痰等。