卵巢巧克力囊肿和卵巢囊肿是两种不同的妇科疾病，它们的区别如下：

1. 发病原因不同：卵巢巧克力囊肿是由于女性内分泌系统出现异常，导致卵巢内的小囊泡（巧克力）变大而形成的。而卵巢囊肿则是由于子宫内膜异位症、子宫肌瘤等原因引起的。

2. 症状不同：卵巢巧克力囊肿通常无明显症状，但如果出现疼痛、腹部不适等症状，则需要及时就医。

3. 治疗方法不同：对于卵巢巧克力囊肿，通常采用手术切除或药物治疗等方法进行治疗；而对于卵巢囊肿，则可以采用药物治疗、手术切除等方法进行治疗。

总之，两种疾病的发病机制和治疗方法都有所不同，需要根据具体情况选择合适的治疗方案。