由于患者的病情不同，治疗方案的选择也不同，病程长短也不一样，如果不是重体力工作，一般7天左右就可以上班，患者术后要严格按照医嘱进行恢复治疗，这样可以更好的让伤口恢复。患者术后要注意休息，适当活动，及时换药，定期复诊，严格按照医嘱进行恢复治疗，注意饮食，多吃水果蔬菜，多喝温水，避免大便干燥，保持大便通畅。每一个肛瘘患者的病情不同，有轻有重，因此治疗方案也不一样，疗程长短也不一样。约十四天左右患者可恢复，如果不是重体力工作，一般七天左右就可以上班。

肛瘘服用什么消炎药、如何应用要依据分期而定，一般肛瘘间歇期或初期不建议服用消炎药，可将大黄和芒硝研成粉调糊敷在患处，或口服清热解毒类中药；急性发作期可以使用抗生素治疗，目前肛瘘的主要治疗手段以手术为主。外治用消肿止痛洗剂坐浴，外涂金黄膏；中药内服用萆薢渗湿汤加化毒除湿汤加减，伴发热用仙方活命饮；

在手术之前，做相关的腔内B超、核磁共振检查，尽量把整体的病灶的范围在术前查清楚，能在手术中把整个病灶毫无遗漏的彻底根治，这样手术的根治率就会增高。对于简单的肛瘘，手术确实能达到一次根治的效果，但是确实有些高位的肛瘘、复杂性的肛瘘，这种多发多瘘管型的肛瘘，在手术当中的难度非常大。