巧克力囊肿是一种良性的肿瘤，通常不会引起严重的健康问题。但是，如果巧克力囊肿在手术后复发，可能会对身体造成一定的影响。

复发的原因可能有多种，包括：

1. 手术不彻底：手术过程中未能完全清除所有的癌细胞，这可能导致癌细胞在身体内继续生长。

2. 患者本身的健康状况：如果患者存在其他疾病或病史，例如免疫系统问题、遗传基因等，可能会增加复发的风险。

3. 手术技术不当：手术操作不当可能导致癌细胞残留在身体内，从而增加复发的风险。

4. 治疗方案不完善：如果患者接受的治疗方案不完全符合医学标准，也可能导致癌细胞在身体内继续生长。

因此，如果您被诊断出患有巧克力囊肿并计划进行手术治疗，建议您咨询专业医生，了解手术后复发的风险和预防措施。同时，定期进行检查和随访也是非常重要的。