一旦脑积水的诊断确立以后，就涉及治疗方法的选择了。脑积水是最简单，最容易治疗的疾病。但是同时也是最复杂，最难治的疾病。简单来说，无论哪种脑积水都可以用分流手术方法来解决，但分流手术存在着一些固有的缺点。

首先，身体里面终生携带分流管就是一件非常难以接受的事情。分流管在体内还有可能出现感染，一旦感染绝大多数情况下需要拔出分流管，否则感染难以治愈。这样，病人花费很大，拖延时间很长。分流管梗阻，断裂，老化等等，都要更换。

分流管安放时间过长，有很大的比例可出现裂隙脑室综合症，病人颅内压力高，症状为间断性头痛，甚至认知障碍等。要解决这样的问题，目前可选择的最佳办法是放置可调压分流管。而第三脑室底造瘘手术是解决脑积水的最佳方法，其优点就是不需携带分流管，缺点是，此方法对梗阻性脑积水有效，对交通行脑积水疗效不能肯定。

值得重视的是，很大一部分早期(一般为10年左右)做过的分流手术，有一部分属于梗阻性脑积水。一旦分流管出现问题，首先要考虑是否可以做造瘘手术，如果造瘘手术可行，就可以拔出分流管了。还有一部分脑积水非常难以处理，称为临床难治性脑积水，需要长期的综合治疗，即使这样也不一定能够获得好的结果。