如果病理检查为肿瘤性息肉，局部还没有癌变的，仍然属于良性息肉，应及时行切除术，防止其接下来出现恶变，可以选择在内镜下切除。如果局部有癌变的，就可以称之为直肠癌，相对就比较严重，应及时行根治性切除手术，并根据术后病理结果决定下一步治疗方法。如果病理检查为非肿瘤性息肉并不严重，一般并不会导致恶变，大多是由于肠道炎症所导致的，以治疗原发性疾病为主。直肠扁平息肉是否严重，需要结合病理结果。

直肠息肉最重要的是明确其类型，若切除后发现是良性的增生性息肉或腺瘤性息肉，是可以治愈的，1-2年复查内镜即可。直肠息肉有可能复发，也可能在其他直肠黏膜再长新的息肉，所以直肠息肉切除后，建议每1-2年肠镜复查。若是直肠息肉合并癌变，可以考虑扩大术或定期复查。直肠息肉一般通过内镜切除，如果直肠息肉的位置较低，可经肛门局部切除。

若是良性疾病，如增生性息肉、炎性息肉、错构瘤性息肉、低级别上皮内瘤变，此时患者切除即可。但是患者要注意若出现低级别上皮内瘤变良性度不好者，此时有发生恶变可能，需定期复查肠镜，建议患者1年复查1次肠镜。一般情况若患者发生直肠息肉时需要进行肠镜下将息肉切除，切除后进行病理切片，以此观察息肉性质。直肠息肉病理分为增生性息肉、炎性息肉、腺瘤性息肉、错构瘤性息肉，主要观察息肉大小以及性质、性状。