如果手术操作不慎，可能会引起呼吸、心跳停止，就算手术顺利，也有可能引起相应神经功能受损，所以脑囊肿手术是否危险主要取决于脑囊肿的位置。如果脑囊肿位于大脑半球比较表浅的位置，对于该类手术，其风险性相对较小，因为手术视野容易暴露，操作相对简单，手术的危险性也就越小。脑囊肿手术是否危险很大程度取决于脑囊肿所发生的位置。对于深部的脑囊肿，尤其是发生在脑干部位的囊肿，其手术的危险性大大增加，因为脑干是人体的生命中枢。

脑内囊肿严重程度主要取决于囊肿的性质及其生长的部位，比如蛛网膜囊肿，在临床上患者只要没有引起特殊的症状，均不需要特殊处理，不管囊肿有多大定期随访复查头部CT即可，这种情况不严重，还有患者终生不会出现症状。如果蛛网膜囊肿引起临床症状，比如头痛、恶心、呕吐、视乳头水肿、癫痫发作等是比较严重的，需要通过手术进行治疗。比如松果体囊肿，如果直径小于2cm没有引起临床症状，也是定期随访观察即可不是特别严重。如果大于2cm引起临床症状，也需要进行手术治疗，是比较严重的情况。

上颌窦囊肿，如果囊肿较小时，患者一般没有明显的临床症状，如果患者合并慢性鼻窦炎，囊肿增大，出现压迫时可以伴有头疼，颜面部的胀痛，牙痛等症状，如果囊肿破裂时，患者可能会间断的有黄色的液体从鼻腔流出，一般患者是通过X光和CT无意中发现上颌窦囊肿。如果囊肿较大或者伴有明显的症状或者合并慢性鼻窦炎时，可以进行手术切除，现在一般常用的都是鼻内窥镜下上颌窦根治术来切除囊肿，将囊壁送病理来明确诊断。如果囊肿较小时，患者没有明显的临床症状时，可暂时观察，不需要特殊处理。