它们的区别主要有以下：尖锐湿疣是性传播疾病，发病部位主要在外阴、生殖器，临床表现为菜花状、鸡冠状的丘疹或者斑块，表面粗糙、突出皮肤。而扁平疣虽然也是一种疣状的增生，但是个体相比较寻常疣来说，比较小的，一般主要是形成颗粒状的疣状增生，或者是形成芝麻粒大小的疣状体，而且表面扁平，没有明显的粗糙感。​尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染造成的。

扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的疾病，多在面部和手部起皮色或淡褐色的扁平丘疹，伴有轻微的瘙痒感。外用药物方面可以选择外用维A酸类药膏，常见的如维A酸乳膏、他扎罗汀凝胶等，也可以选择外用具有调节免疫的药膏，常见的如重组人干扰素α2b凝胶、5%咪喹莫特乳膏等，还可以选择具有去腐生新作用的中药类药膏，常见的如五妙水仙膏等。3%的迪维霜外擦，但是要求避光，尽量在晚上睡觉之前涂抹，起床之后一定要清洗干净。如果扁平疣出现在头面部，则可以谨慎的用0。

扁平疣除了药物以外，还可以使用物理的方法进行治疗，比如微波，高频电离子，液氮冷冻，点阵激光等直接去除疣体。1%的维E酸软膏，还有咪喹莫特等药膏都可以选用。扁平疣和寻常疣，主要是人类乳头瘤病毒引起的皮肤病变。临床上如果出现扁平疣，可以局部外用5%的5-氟尿嘧啶，或者是0。