小孩反复高烧39℃以上3天仍未退烧主要与病毒感染、细菌感染以及非典型病原体感染有关，根据病因进行干预。

1、病毒感染：部分病毒感染后会反复发热3-5天，甚至更长时间，比如EB病毒感染，建议进行对症治疗，比如体温超过38.5℃使用退热药，同时多喝水，多休息。

2、细菌感染：高烧39℃以上3天未退需要考虑细菌感染后产生大量致热原所致，建议进行血常规、C-反应蛋白检查。若血象增高，需要在医师指导下使用抗生素进行治疗，比如青霉素类、头孢类。

3、非典型病原体感染：比较常见的有支原体、衣原体等，感染后容易出现反复发热，大部分在一周左右，建议进行抗原、抗体滴度检查。若存在，建议在医师指导下使用大环内酯类抗生素进行治疗，比如环酯红霉素干混悬剂、阿奇霉素干混悬剂等。

此外，还需要警惕血液系统疾病，比如急性白血病、再生障碍性贫血等。