肠吻合口瘘治疗方式可以分为保守治疗和手术治疗，保守治疗以腹腔充分引流为主，并且结合抗生素抗感染，手术治疗就是再次进行手术，进入腹腔后彻底清除腹腔内的肠液粪便，并且彻底冲洗，在近端肠管进行造口以旷置吻合口处的瘘，避免大便继续对吻合口的刺激，促进吻合口瘘的愈合。

肠吻合口瘘一般出现在手术后一周左右，表现为明显的腹痛不适，伴有发热，如果患者仍留有腹腔引流管，可以见到腹腔引流管内的稀便以及气体排出，结合腹部平片和腹部CT检查一般可以明确诊断。

保守治疗的办法一般为保持腹腔引流管的通畅引流，必要时进行腹腔冲洗，一般都采用双套管进行冲洗，冲洗的同时应当保持出水管的通畅，同时需要静脉使用抗生素抗感染治疗，一般小的吻合口瘘两周左右可以愈合。

对于腹膜炎症状比较重，患者生命体征不稳定，甚至是有感染性休克前兆的患者，应当及时进行剖腹探查，必要时进行腹腔彻底的冲洗，并在近端肠管进行造瘘。

吻合口瘘一般都需要禁饮食，并根据吻合口瘘的情况决定饮食，后期如果吻合口瘘已比较小，可以口服肠内营养制剂，如果窦道已经形成，可以进食流质饮食并逐渐拔出引流管。