停经45天而在B超检查中看不到孕囊的原因包括孕周过早、宫外孕、胚胎停止发育等。

1、孕周过早：在怀孕的早期阶段，孕囊可能还不够大或不够清晰，因此B超检查无法显示。这可能是因为孕囊尚未充分发育，或者排卵和受精日期的确定存在一定误差。在这种情况下，医生可能会建议进行进一步的检查，以便在孕囊发育更成熟时再次进行B超。

2、宫外孕：是指受精卵着床在子宫以外的部位，通常发生在输卵管。当受精卵在子宫外着床时，B超检查往往无法显示孕囊在子宫内的存在。宫外孕的其他症状可能包括阴道流血、腹痛或不适等。如果怀疑宫外孕，应尽快就医进行进一步检查和治疗。

3、胚胎停止发育：有时，怀孕虽然存在，但是胚胎的发育停滞或停止。这可能是由于染色体异常、胚胎发育异常或其他因素引起的。在这种情况下，B超检查可能无法显示正常的孕囊和胚胎。通常会伴随停经、乳房胀痛减轻等其他症状。如果怀疑胚胎停止发育，建议咨询医生进行进一步评估。

除以上相对常见原因外，还有其他的可能性疾病，比如子宫内膜异常、异位妊娠。因此，建议尽早就医，查明原因，采取针对性治疗。