由于这种疼痛多数是由病毒感染或细菌感染造成的，所以最主要的治疗方法是针对病因的使用抗病毒药物或抗菌素，建议通过静脉途径用药，同时可以酌情的使用糖皮质激素，有利于控制感染，减轻水肿，也能够快速的消除疼痛的感觉。如果是单侧进行性加重的疼痛感觉，需要警惕局部形成脓肿，如果检查发现扁桃体向内侧移位，那么可能会局部形成脓肿，需要切开排脓，疼痛的感觉才能够得到有效的恢复。扁桃体处于急性感染期时，最主要的症状是咽喉部的疼痛，常常可以引起放射性耳痛，并且在吞咽时明显加重。伴随有反复发热症状的，可以酌情的使用解热镇痛药，比如布洛芬，一般会在体温超过38.5度时才使用。

扁桃体炎是可以引起或者加重肾炎的，临床上有以下的分析，扁桃体炎大多数是由溶血性链球菌所感染导致，肾炎的患者血液中存在抗溶血性链球菌抗体，一旦患者扁桃体炎发作，溶血性链球菌便与抗溶血性链球菌抗体相结合形成免疫复合物，这种免疫复合物会导致患者肾功能的损害，每当患者扁桃体炎发作一次，肾功能的损害会加重一次，所以长期反复出现扁桃体炎的患者，最终容易形成尿毒症、慢性肾衰竭等等相关疾病，严重影响患者的生命。临床上对于急性扁桃体炎的患者，需要尽快、彻底地予以治疗，尽量减少复发，对于部分患者也建议做扁桃体切除手术，根治病因，尽量减少对肾炎的影响。

如果是病毒感染所引发的扁桃体炎症，可以服用阿昔洛韦、更昔洛韦等，也可以选择具有清热解毒的中成药制剂，比如小儿金翘颗粒、咽扁颗粒或者蒲地蓝口服液、蒲地蓝消炎片等。如果是细菌感染，可以选择青霉素类、头孢类或者大环内酯类的消炎药物，临床上比较常用的口服用药，比如阿莫西林、头孢克肟、头孢克洛、头孢氨苄或者罗红霉素、阿奇霉素等。小孩子扁桃体发炎，最常见的病因是由于细菌或者病毒感染所引发。对于小孩子扁桃体发炎，在用药治疗的同时也应该多喝水，多吃含维生素C丰富的蔬菜和水果。