如果胚胎组织在排出时阴道流血多超过平时月经量的，或自然流产后B超探及子宫内残留物大于两个厘米的都应给予清宫手术，以免胚胎组织残留在宫内引起大出血和感染。自然流产是指妊娠未达到28周，胎儿体重不足1千克而自然终止者，发生在妊娠12周前的自然流产为早期流产，而发生在妊娠12周或之后的自然流产称为晚期流产。在流产过程中会看到孕囊或胎儿从宫腔以内排出。

宫外孕自然流产，往往发生在8~12周，而且孕囊着床的部位在输卵管的壶腹部和伞端比较多，这个时候出现流产，出血量往往不多，腹痛的症状也不是特别明显，血液一般是聚集在子宫直肠陷窝处，出血量不多，往往可以自行吸收。宫外孕流产的特点包括以下几方面：人绒毛膜促性腺激素会出现生理性的下降。宫外孕也可以发生流产。

临床上无论是早期流产或者是晚期流产，往往都是胚胎或者是胎儿死亡之后数小时或者是几天之内，开始出现绒毛与蜕膜剥离，血窦开放继而出现阴道流血，而剥离的胚胎或者是胎儿和血液刺激子宫收缩，引起下腹阵发性腹痛。一旦在医院里检查确定胚胎停止发育，除非有自然流产非常典型的症状，例如大量的阴道流血或剧烈的腹痛，才需要继续等待下去，否则绝大部分都建议及时的清宫。但也有一部分患者本身就无早孕反应，当胚胎停育后无腹痛，也无阴道流血，行超声检查时才发现宫内胎停育有一段时间了，这一部分胎停育需人工流产清除。