如果是真菌性的毛囊炎，常见的有马拉色菌毛囊炎，那么可以考虑口服抗真菌药物进行治疗。对细菌性的毛囊炎，通常采用抗菌素治疗。常见的包括头孢菌素，青霉素，喹诺酮类抗菌素，大环内酯类抗菌素，它们对于毛囊炎都是有效的。对轻度的毛囊炎，往往采用外用药物都可以。

毛囊炎最常见原因细菌感染 ，如金黄色葡萄球菌，这种细菌平时在人体的皮肤或者鼻腔黏膜的表面，不会对人体造成伤害。如果皮肤与毛囊有损伤、刺激或者毛囊发生破损，细菌就很容易进入皮肤内部，感染毛囊，引起毛囊炎。皮肤外伤常见的有刮胡子、穿紧身衣物摩擦皮肤、刺激毛囊、汗多、化妆品等堵塞毛孔等，可能会堵塞或刺激毛囊引起发炎。除此之外，痤疮或者湿疹等这些皮肤病，可以破坏皮肤对病菌的防御能力，引发毛囊炎。

出现毛囊炎以后，首先可以采用局部的治疗，比如外用2.5%的碘酊外涂患处，每日可以数次。也可以用1%的新霉素软膏，或者是百多邦药膏涂于患处。其他可以用夫西地酸、克林霉素凝胶等等都可以外涂。对于病情比较重的，可以配合全身性的治疗。比如可以酌情选用磺胺类的药物或者是头孢类的抗生素，进行联合治疗。其他还可以配合物理紫外线、超声波等治疗办法。对于慢性复发者，如果伴有基础疾病，比如糖尿病等，应该积极治疗原发疾病。所以出现毛囊炎之后因尽早去诊治，避免耽误病情。