手术治疗是肛瘘的主要治疗方法，手术可分为肛瘘切开或切除术、肛瘘挂线术、乙状结肠造口术、激光手术等。但急性感染期不且实施手术。克隆病、溃疡性结肠炎合并肛瘩、需先治原发病。术后每日用双氧水和生理盐水清洗，创腔用油纱条填充。结核比肛瘘用链霉素或雷米封溶液换药；挂线术应注意橡皮筋的松紧度，需随时调整勒紧。

肛瘘患者的日常护理

(1)锻炼身体、增强体质、提高抗病能力。

(2)合理饮食、预防消化系统疾病，及时治疗慢性疾病，如慢性腹泻、习惯性便秘等。

(3)保持肛门及肛管的清洁卫生，防止细菌感染形成肛门直肠周围脓肿。

(4)一旦形成肛周脓肿，应积极妥善治疗。切开排脓应把伤口治彻底。