头孢吡肟和头孢克肟都属于头孢菌素类抗生素，主要用于治疗感染疾病，两者的区别在于化学结构以及作用谱。

1、化学结构不同：头孢吡肟是第三代头孢菌素类抗生素，由苯丙氨酸基团和头孢菌素的核心结构组成。而头孢克肟是第二代头孢菌素类抗生素，由噻唑啉环和头孢菌素的核心结构组成。

2、作用谱不同：头孢吡肟主要用于治疗上呼吸道、下呼吸道、泌尿生殖系统和皮肤软组织等感染疾病，特别适用于儿童和老年患者。头孢克肟主要用于治疗呼吸道、泌尿生殖系统、皮肤软组织、中耳炎等感染疾病。

需要注意的是，两种药物都存在一定的不良反应，如头孢吡肟可能引起腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应，头孢克肟可能引起过敏反应、肝功能异常等。因此，患者在使用这两种药物时需谨慎使用，并在医生指导下正确用药，避免自行滥用。