对于部分菌阴性的肺结核患者，此时就要通过支气管镜对局部支气管进行刷检和肺泡灌洗，取得痰液标本进行相应的痰检，如果找到结核杆菌就可以确诊肺结核。部分肺结核患者其气道内面，可以见到典型的坏死性肉芽肿形成，此时还可以通过对局部的坏死物进行活检，进行诊断，亦可以确诊肺结核。但要注意，少数肺结核患者其支气管镜未见到明显的异常，还可以通过经皮肺穿刺对肺部病灶进行活检。气管镜检查大部分是能确诊肺结核，肺结核的确诊要找到结核杆菌存在的依据，临床上通常根据痰培养、痰结核菌涂片来找结核杆菌。

纤维支气管镜能够弥补胸部CT所不能发现的病灶，属于有创性检查，配合影像学检查能够对呼吸内科常见病、多发病、疑难疾病做出进一步的诊断，是非常有价值的检查手段。纤维支气管镜检查主要用于检查不明原因的咯血，是否为炎症、结核、肿瘤或呼吸道异物，通过镜下检查进一步明确是否有管腔阻塞、新生物形成、痰栓的形成以及肿瘤占位，分别通过支气管肺泡灌洗液以及局部异物病理组织检查，来明确是否为炎症、结核或者早期肿瘤。支气管镜属于呼吸内科常用的检查手段，包括普通纤维支气管镜和无痛纤维支气管镜检查。

通过一根带有摄像头的管子，通常是通过患者的鼻腔进入，逐步通过声门进入气管、支气管来对整个气管内腔进行检查。另外对支气管异物、痰栓等等，也可以通过支气管检查操作及时取出，避免发生窒息等意外。一方面是明确有没有支气管内膜的病变，也可以取局部的组织做病理活检，来最终对支气管病变作出诊断。另一方面也可以做支气管镜下的治疗，比如可以吸痰，针对比较粘稠的痰液，通过支气管镜反复抽吸，可以达到事半功倍的效果。