本病可用局部刮除、人工挤压、液氮冷冻等物理的治疗方法，可在无菌条件下用齿镊或弯曲的血管钳将软疣夹破，并挤出其内的内容物，然后外用上碘酊等以防细菌感染，此方法快捷且简便。本病的预防主要在于避免搔抓、刺激，以防其向周围的皮肤扩散或者进一步引起细菌感染。可也选择外用药物治疗，如维A酸软膏或斑蝥素，虽然此方法没有疼痛及创伤，但起效作用比较慢，效果也因人而异。避免与家人共用擦澡巾、毛巾等物品。

有的病人会在发病几个月以后，在某些皮损四周发生斑片状湿疹样损害，当软疣除去后，这种湿疹样的损害会自然消退。传染性软疣有可能会自愈，皮损大约经过6-9个月的时间会自行消退，但也有少数患者会持续3-5年。损害数目不等或少数散在，互相不融合，会有瘙痒症状，皮损可因搔抓或自家接种而呈条状分布。多见于儿童及青年人，潜伏期约为14-50天。

通常情况下这种疣体主要是感染了软疣病毒以后而造成的一种增生，所以在治疗上一般可以采用用刮匙将疣体直接刮除。当然也可以采用其他的方式，比如可以使用金属镊子将疣体直接的夹除，或者是采取液氮的冷冻办法来治疗。有的患者产生的这种疣体，如果继发形成细菌感染，还需要外涂红霉素软膏，防止这种感染的扩大。传染性软疣的治疗，一般主要是进行刮疣治疗的。