深呼吸时感觉气管轻微疼痛可能是支气管炎、肋软骨炎、胸膜炎等引起的。需要根据不同情况给予对症的方法治疗。

1、支气管炎：当患者咳嗽时会使炎症刺激到气管，导致气管局部粘膜出现充血、肿大的现象，就会引起局部疼痛。对于咳嗽有痰而不易咳出的患者，可遵医嘱服用氢溴酸右美沙芬片、枸橼酸喷托维林片、清肺化痰止咳颗粒等；对于细菌感染者，需配合服用红霉素片、罗红霉素胶囊、阿奇霉素分散片等。

2、肋软骨炎：是发生于人体内软骨的炎症，可能是活动过多或者外伤刺激引发的，多为非感染性因素引起的，主要症状有胸痛、胸壁胀痛、胸壁发热等，在深呼吸时就会引起气管疼痛。首先应保持静止状态，避免过度劳累和运动，如果有明显疼痛，可遵医嘱服用非甾体抗炎药，比如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片以及吲哚美辛肠溶片等。

3、胸膜炎：在深呼吸时，由于胸廓扩张幅度增大，造成胸膜或胸壁拉伤，而引起胸痛，所以会被误认为是气管疼。对于感染引起的胸膜炎，可遵医嘱使用红霉素片、头孢克肟胶囊、阿奇霉素分散片等抗感染药物；如果是结核性胸膜炎，则需要配合抗结核药物，比如利福平片、吡嗪酰胺片、异烟肼片等。

除以上疾病外，肺炎、肺结核、食管癌等疾病也会出现上述症状。患者出现疼痛症状时，建议及时到医院进行检查确诊。