婴儿脸色发黑原因有生理性因素、环境因素、肾上腺皮质增生症等。

1、生理性因素：部分婴儿家族中皮肤比较黑，受到遗传因素影响，婴儿皮肤也比较黑，主要出现脸上皮肤黑的情况，不伴其他不适，可暂时观察。

2、环境因素：处于暴晒环境或者紫外线过强的环境，比如夏季、高原地区等，导致脸上皮肤发黑，建议尽量做好防晒措施。

3、肾上腺皮质增生症：导致体内雄激素水平明显增高，出现色素沉着，可有生殖系统畸形、电解质紊乱等。

此外，还需要警惕皮肤肿瘤等疾病。