在诊断明确之后，主要治疗的方法还是以药物对症治疗为主，随着时代的进步，古人对肛瘘的治疗也采用手术的方法进行治疗，还可以考虑通过挂线等传统的疗法，而且直到现在也还在继续使用。古代人如果得了肛瘘的话，也是以对症治疗为主，肛周脓肿溃破之后，就形成了肛瘘的状态，肛周脓肿和肛瘘，都是属于肛门周围感染化脓性的疾病，也是属于肛肠科的常见病和多发病。

肛瘘主要症状是流脓，脓液多少决定于炎症情况，急性炎症时脓比较多，在慢性炎症时脓就会比较少。此外，患者还会感觉疼痛，肛瘘一般不疼痛，但是如果引流不畅造成急性炎症时会引起疼痛。所以肛瘘和肛周脓肿实际是一个疾病两个不同阶段。脓肿是肛周脓肿急性期表现，肛瘘则是慢性过程。

婴儿肛瘘主要是继发于肛门周围的感染，肛旁脓肿破溃以后会形成瘘管，肛周感染形成瘘管以后，如果没有明显的括约肌痉挛，大便通畅，不反复发炎，有可能外面瘘管是愈合的，但是大多数可能不得愈合，可能最终会要手术治疗。最常见的用的是挂线治疗，找到内外口以后用弹力的橡皮筋做缓慢的切开括约肌，解除因为直肠内高压导致形成瘘管，解除这个因素，基本上都能好。手术治疗的原则一般是在一岁以后，如果瘘管比较表浅，选择瘘管切除或者切开；婴儿肛瘘有可能会自愈，少部分可以自愈的。