孩子一到半夜两三点就哭有可能是缺乏维生素D、腹部不适、皮肤瘙痒原因引起的。

1、缺乏维生素D：在身体缺乏维生素D以后，早期可能会影响到正常的神经系统，从而使孩子出现烦躁、易怒或者哭闹的症状，而且还有可能会出现枕头以及出汗的症状。如果身体缺乏维生素D比较严重的情况下，有可能还会出现缺钙或者佝偻病等症状，因此身体缺乏维生素D是比较严重的，要及时的去正规医院进行检查，必要的时候需要及时的遵医嘱服用维生素D，及时给身体补充相应的营养。

2、腹部不适：会出现腹痛、腹泻、消化不良以及肠痉挛等症状的情况下，也有可能会引起孩子哭闹的情况。可以使用热毛巾或者热水袋进行热敷也可以采用顺时针或者逆时针的方式来按摩腹部。如果并不能得到缓解的情况下，要及时的去正规医院进行腹部彩超来明确病因。

3、皮肤瘙痒：如果身体出现湿疹或者长疱疹的情况，有可能会伴随强烈的瘙痒症状，在身体不适的情况下，孩子也会出现哭闹的症状。要随时观察皮肤，如果出现湿疹或者疱疹的情况，要及时遵医嘱服用消炎止痒的药膏来缓解瘙痒的症状。