男性生殖器畸形的病因是多种多样的，以下是一些常见的原因：

1. 遗传因素：有些男性可能会在家族中发现某些人群患有生殖器畸形。

2. 营养不良：营养不良会导致身体发育不完全，这可能会影响到生殖器的发育。

3. 精神压力：长期的精神压力和焦虑等情绪问题可能会影响到男性生殖器的发育。

4. 吸烟和饮酒：吸烟和饮酒会对男性生殖器产生负面影响，包括影响血液循环和组织修复等。

5. 药物使用：某些药物，如避孕药、抗生素等，也可能对男性生殖器产生负面影响。

6. 疾病：一些疾病，如睾丸炎、附睾炎等也可能导致男性生殖器畸形。

7. 手术：一些手术，如睾丸切除术、附睾切除术等也可能导致男性生殖器畸形。

需要注意的是，这只是一些常见的原因之一。如果您担心自己患有男性生殖器畸形，请咨询医生进行检查和诊断。