肛门镜和直肠镜的区别在于检查部位不同、检查时长不同以及患者不适感不同。

1、检查部位不同：直肠镜能检查直肠及部分乙状结肠内的病变。而肛门镜因镜身较短，只针对检查肛门、直肠病变。

2、检查时长不同：由于直肠镜是检查肠道组织，因此检查时间也比较长。通常做完整个肠道检约需30分钟。而肛门镜检查所用的时间就较短，通常只需10分钟左右。

3、不适感不同：肠镜需深入肠道，检查过程中患者会有腹部饱胀感。而肛门镜检查属于比较轻松的检查，不会出现腹部饱胀感。