新生儿在治疗时用药品种以及用药量上应高度谨慎，因为沙眼衣原体的敏感药物相对来说副作用都比较大，尤其是四环素，多西环素等品种，容易造成不良的副作用，一定要在医师的严格监测下合理用药。沙眼一般是没有遗传性的，但是如果母亲体内有沙眼衣原体，尤其是生殖道有沙眼衣原体感染，胎儿在顺产过程中有可能由于经过生殖道被母体内的衣原体感染发生新生儿沙眼，这种情况应该积极的进行局部抗感染治疗。

世界卫生组织建议根除沙眼的措施包括倒睫手术，临床活动性感染的抗生素治疗，进行面部清洁，改善环境条件。沙眼要进行广泛的卫生宣传教育，大力开展沙眼普查和防治工作，加强公用事业、集体生活单位的卫生管理，搞好家庭和个人卫生。洗脸用具分开或用流水洗脸等等。理发店、浴池、旅店等面巾、浴巾、用后严格消毒。

沙眼衣原体是一种特殊的微生物，它介于细菌和病毒之间，对人体的危害性非常大，会导致一些严重的眼科疾患。因为沙眼衣原体还会引起一些全身性的疾病，对人体的危害是非常大的。所以一旦发现沙眼衣原体感染，一定要到正规的眼科医院去进行就诊，在医生的指导下选择合适的治疗方法，不能因为自己的疏忽而耽误了疾病的治疗。一旦被沙眼衣原体感染之后，眼睛会出现流泪，或者分泌物增多，严重者会出现倒睫或者眼睛溃脓的情况。