口腔扁平苔藓已经出现较大的损害时需要使用药物治疗，例如维A酸类药物对于角化程度较高的患者比较适用。口腔扁平苔藓能够自愈，但是，需要根据病因来决定，如果是由于心理因素所引起，通常情况下经过身心的调节，调整好心理状态，并且调节全身的状况，例如睡眠、消化功能或者月经状况，这时口腔扁平苔藓就能够自愈。另外，需要使用免疫抑制剂，例如雷公藤、昆明山海棠或者羟氯喹，都可以治疗口腔扁平苔藓。可以选择使用肾上腺皮质激素，还可以使用抗真菌药物，例如伴发白色念珠菌感染，可以使用制霉菌素进行局部涂抹。

累积粘膜部位最常发生在口腔，表现为双颊粘膜白色的网状细纹，也可以出现糜烂、溃疡、大疱，还有烧灼感。部分患者出现指甲的扁平苔藓，看到指甲增厚、凹凸不平、变色、萎缩。皮疹多分布在前臂的屈侧、手腕、手背、颈部、骶尾部，可因搔抓部位形成现状分布新发皮疹。患者自觉瘙痒，皮疹可到数月到数年会消退，部分会有遗留色素沉着。

口腔扁平苔癣，病因尚不明确，目前仍无根治的特效方法。治疗原则是仔细询问病史，了解全身情况，调整心理状态，如精神状态，睡眠、月经状况、消化道等。局部治疗，病损局限，有症状者以局部治疗为主。一、注意消除局部刺激因素，如烟酒、牙石、残冠、残根、尖锐牙尖、或不良修复体。二、肾上腺激素，可用软膏、药膜、喷雾剂等形式。三、局部封闭，对糜烂溃疡型，可使用病损期基底部激素注射，全身治疗。针对急性大面积，或糜烂性扁平苔癣，可以使用全身药物治疗。一、糖皮质激素和其他免疫抑制剂；二、免疫增强剂；三、中医药；四、其他辅助治疗药物，补充维生素类；五、雷公藤、昆明山海棠、氯喹等药物。中医药治疗，局部治疗，对于糜烂溃疡型可使用养阴生肌散、西瓜霜、冰硼散。