二级预防主要是给予药物干预，比如抗血小板的药物，如阿司匹林，若患者无明显的阿司匹林禁忌症，可长期口服。同时，二级预防应该给予他汀类药物，患者应该间断监测血脂以及肝功，同时监测颈动脉彩超，完善是否有斑块形成。若患者出现胃溃疡等症状，可更换为氯吡格雷长期口服，一旦患者有出血倾向，应停止用药，去医院复查。对于脑梗塞，患者需要长期口服药物治疗。

一般性治疗，主要是控制患者的病因，比如颅内压增高时，进行颅内降压治疗。如果患者发病时间在6小时之内，适合溶栓时，可以进行静脉溶栓治疗。患者特殊治疗主要包括抗血小板聚集、神经保护、改善血循环、保护线粒体、针灸和康复治疗等。如果条件允许的情况下，可以注入卒中单元进行综合治疗，包括一般性质量特殊治疗。

脑栓塞康复锻炼可分为以下几个阶段。第一阶段，按摩与被动运动，对早期卧床不起的病人，有家人对其瘫痪肢体进行按摩，防肌肉萎缩。第二阶段，逐步开始走路，并做上肢锻炼，在第一阶段基本巩固后，可常做些扶物站立，身体向左右活动、下蹲等活动，还可原地踏步。第三阶段，恢复日常生活能力，达到生活自理，再能自己行走后，走路时两腿抬高，做跨步态，并逐渐进行跨门槛，在斜坡上行走，上下楼梯等运动，逐渐加长距离，下肢恢复较好的病人，还可进行小距离跑步，对上肢的锻炼主要是训练两手的灵活性和协调性。