本病的发病机制目前也没完全清楚，有学者认为与小儿脑发育未成熟，在一定诱因的影响下如呕吐、腹泻，体内环境受到影响，导致大脑细胞异常放电而发生惊厥。婴儿出现有轻度胃肠炎的情况，主要是做好饮食方面的调理，也就是减少饮食的量，尽量不要添加辅食，主要是应用一些小儿益生菌等进行调理，配合应用一些肚脐贴，如果腹泻严重，可以适当的用一些止泻的药物。由于本病为一过性惊厥发作，急性期过后无需长期服用抗癫痫药物，本病预后良好，对智力不会造成影响。

如果是高度危险度的，或者是因为肿瘤长的比较大，有其他部位的病变，这种情况术后一定要做辅助抗肿瘤治疗，对于胃肠道间质瘤，现在有一种特效的靶向药叫做伊马替尼，眼前对于白血病的治疗也是有效的，现在可以用于胃肠道间质瘤的治疗效果很好，当然在治疗的过程中也需要定期复查。手术后对胃肠道间质瘤进行病理检查是非常重要的1个环节，目的是鉴别胃肠道间质瘤的高危程度，对于高危型的胃肠道间质瘤，手术只是治疗的1个环节，术后应该服用甲磺酸伊马替尼，这是一种针对间质瘤非常有效的药物，一般建议服用2年，其后根据复查的表现来决定是否继续服用。胃肠道间质瘤的首选治疗是手术切除，然而该病患者年龄较大，又无症状，且病情进展缓慢，因此是否全部需手术有分歧意见。

经常伴有失眠，焦虑，注意力不集中，健忘，神经过敏等其他功能性症状，而在胃肠镜，小肠等相关临床实验室检查未发现明显器质性病变。肠胃神经官能症的治疗方面要调畅情志，有很多病人是见于女性，平常情绪较为压抑，一定要疏导，可以用疏肝理气的药物，还可以补充益生菌等，也要鉴别甲亢的问题。胃肠神经官能症是一组胃肠道症状为主的临床症候群，主要临床表现有腹痛，腹胀，恶心，食欲不振，消化不良，腹泻等临床表现。