躺下时不感到疲劳，而起床后感到困倦可能是由于过度劳累、植物神经紊乱、神经衰弱等原因引起的。为了治疗这种情况，可以采取日常护理和药物干预等方法。下面是具体的分析：

1. 过度劳累

如果身体长期处于过度劳累状态，会导致过多的应激激素分泌，使身体处于紧张状态，从而导致难以入睡或失眠。这种情况无需特殊处理，适当休息后就能得到缓解。

2. 植物神经紊乱

植物神经由交感神经和副交感神经组成，分别控制身体的应激反应和放松反应。如果交感神经过度兴奋或副交感神经功能不足，就会导致身体处于紧张状态，影响睡眠。患者可以遵循医生的建议，服用药物如谷维素片、维生素B1片等进行调节。

3. 神经衰弱

神经衰弱是指神经系统功能失调，表现为焦虑、抑郁、疲劳等症状。这些症状会影响睡眠质量，导致难以入睡、浅睡眠或频繁醒来。患者可以遵循医生的建议，服用药物如安神补脑液、谷维素片等进行调节。

除了上述常见原因外，还可能与心脏神经症、周围神经炎等情况有关。患者应前往医院就诊，经过确诊后进行规范治疗。