在乙肝病毒感染的自然史中，伴随HBeAg的阴转往往是HBV病毒血症的消失或炎症的静息。所以人们通常认为HBe系统的血清学转变即HBeAg转阴继而出现HBe抗体的转化为乙型慢性肝炎好转稳定的标志。

事实上乙肝病毒在与宿主相互作用的过程中，形成了持续感染和逃避清除的精确机制。一部分感染者中如慢性肝炎患者，HBeAg阴转并不意味着炎症活动的停止。

乙肝病毒基因前C区83位碱基由鸟嘌呤（G）突变为腺嘌呤（A），造成该区28位氨基酸突变为终止密码子而丧失HBeAg的合成与分泌功能，从而HBe抗体阳转。前C区变异株HBV虽呈全世界分布，但以欧洲地中海地区和亚洲多见，其流行率占CHB的40%～80%。前C区变异乙肝病毒在慢性乙肝病毒携带者中也很常见，通常HBeAg阳性的HBV携带者约75%为单纯的乙肝病毒野株感染，而另25%则存在野株与前C区变异株混合感染，当HBeAg血清阴转时，前C区变异株即可转为乙肝病毒优势株。

HBeAg阴性而存在乙肝病毒病毒血症的情形定义为HBeAg阴性的HBV感染；在另一部分感染者中如重型肝炎患者，主要以HBcAg的表达为主，感染起始即为HBeAg阴性。