经过鲜胚移植12天后，如果白带中出现褐色分泌物，可能是由于胚胎着床、着床失败或流产等原因引起的。在处理这种情况时，需要根据具体情况采取相应的措施，以下是具体分析：

1. 胚胎着床

鲜胚移植是一种将早期胚胎转移到女性子宫腔中的方法，可以提高胚胎质量，缩短试管婴儿治疗时间。当胚胎移植到宫腔后发生着床时，胚胎表面的细胞与子宫内膜可能会发生排斥反应，导致毛细血管破裂，少量血液通过阴道排出，这可能会导致鲜胚移植12天白带有褐色分泌物的情况。通常情况下，这种情况无需处理。

2. 着床失败

如果手术后子宫对胚胎排斥反应较大，容受性较差，导致移植失败，胚胎逐渐变性、坏死，随阴道分泌物排出，也会出现上述症状。建议前往医院进行相关检查，以确定是否怀孕。

3. 流产

如果患者在移植后过早进行性生活或剧烈活动，胚胎可能不稳定，导致流产，使得子宫内膜部分脱落，也会引起上述症状。建议患者要查明病因，并针对具体情况进行治疗，不要盲目使用药物，以免对身体健康造成损害。

除了上述原因，还可能由阴道炎、宫颈炎、异位妊娠等疾病引起。建议如果出现这种情况，要留意身体变化。如果出现大量出血情况，应立即前往医院接受诊治。