月经结束后肚子疼可能是由于多种原因引起的，以下是一些常见的原因：

1. 子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织在子宫外生长，这种情况下可能会导致腹痛、腹胀、排尿困难等症状。

2. 卵巢囊肿：卵巢囊肿是一种卵巢组织中的小囊肿，它们通常会在月经期间破裂并导致腹痛和不适感。

3. 子宫肌瘤：子宫肌瘤是一种良性的肌肉瘤，它们通常会在月经期间破裂并导致腹痛和不适感。

4. 妊娠期间出现的腹部疼痛：在怀孕期间，子宫内膜增厚，从而使得子宫颈部膨大，这可能会导致肚子疼痛。

5. 其他妇科问题：例如阴道炎、盆腔炎等妇科问题也可能导致肚子疼痛。

如果您的症状持续存在或加重，建议您咨询医生进行检查和诊断。同时，注意休息、保持良好的卫生习惯、避免过度劳累等也有助于缓解疼痛。