通常不推荐食用发芽的菠萝蜜籽，因为尽管它们不会产生有毒物质，但会消耗大量养分且口感较差。

菠萝蜜籽发芽通常是由于存放时间过长且未妥善保鲜造成的。这会导致菠萝蜜籽失去水分而变得干瘪。此外，菠萝蜜籽在发芽时需要从果核中吸取大量营养，导致营养成分流失，无法提供有效的营养。

如果无法食用完菠萝蜜籽，务必将其密封保存在保鲜膜中，并放置于冰箱中以防变质。同时，对于一些体质敏感的人来说，发芽的菠萝蜜籽不建议食用，否则可能引发过敏反应，如腹泻、皮肤潮红、呕吐等症状。

此外，在食用已经发芽的菠萝蜜籽时，务必先将其煮熟，以避免对肠胃造成刺激。