新生儿反复咳嗽两声可能有生理性原因，也可能是由于羊水吸入或呼吸道感染等病理性原因所致。

1、生理性原因

新生儿可能会因为口水呛到气道，温度过低受到冷空气刺激，或者进食过快、过急引起呛奶或呛水而反复咳嗽两声。此外，环境中的灰尘较多、过于干燥或有刺激性气味等因素可能导致呼吸道不适，也会引发咳嗽。

2、羊水吸入

新生儿在出生过程中可能会异常吸入羊水，这通常会刺激呼吸道，导致他们反复咳嗽两声。

3、呼吸道感染

由于新生儿的免疫功能较弱，一旦呼吸道感染引起炎症或疾病，可能会导致喉咙黏膜受到炎症刺激，进而引发新生儿反复咳嗽两声。

如果确认新生儿咳嗽的原因不是生理性的，建议及时就诊于医院，明确病因，并按照医生的建议进行治疗。