胚胎学者指出唇腭裂形成于妊娠期的前三个月，在胚胎发育的早期，唇、腭是由两侧组织往身体中线融合起来的，若不能正常融合，就会产生各种不同部位的裂缝，出现唇裂、腭裂、唇腭裂这3种问题。

目前医学上还不能确切知道其发生根源，多数医生在通过临床的诊断总结一些可能导致它出现的原因：遗传和复杂的环境因素。有人认为遗传占有相当高的比例，但实际上，遗传因素只占到30%，并不高。复杂的环境因素才是最大的元凶，其中包括环境污染、感染、农药、激素等。怀孕早期(怀孕前3个月)准妈妈的情绪、营养等状况不佳，如遭到强烈的精神刺激、身体外部遭损失等精神性或损失性的因素；早孕期的呕吐、厌食等导致微生物D、叶酸、铁、钙等的缺乏。怀孕前2个月的感冒，有些准妈妈可能因为感冒而形成风疹病毒，很可能导致孩子出现唇腭裂。一些药物对准妈妈的影响。如服用抗癫痫药、类胆固醇、抗过敏、抗癌药物等，以及照X射线、辐射、吸烟、饮酒、缺氧等都脱不了干系。

具体说来，目前得到公认的唇腭裂可能致病因素大概有以下几点：

遗传因素在过往被临床诊疗患者中，只有少数的患者可查到家族性因素，为多基因遗传性疾病，再发的危险性相对较小。

若父母正常且第一位子女唇腭裂，生育第二位唇腭裂子女可能性为5%。若父母中有一位唇腭裂患者，生育唇腭裂子女的可能性为5%。若父母都是唇腭裂，生育第一位子女的可能性为25%。

环境因素尤其在城市里，水、空气的污染对怀孕的女性来说都十分危险，还有病毒感染(如流感)、X射线、汽车尾气、微波等，都可造成遗传基因的突变等。

药物因素母体怀孕期间患有如贫血、糠尿病、严重营养障碍等慢性疾病或服用某些药物，如镇静药、抗癫痫药及激素类药等。

烟酒因素资料表明孕妇早期大量吸烟(包括被动吸烟)及酗酒，其子女唇腭裂的发生率比无烟酒嗜好的孕妇要高。当然，吸二手烟也一样有危害。

情绪因素俗话说病由心生，母亲在怀孕期间一定要保持平和的心态，这无论是对预防唇腭裂还是其他疾病或多或少都有一定的帮助。

当然，如果生了唇腭裂畸形的小孩，也不要过于担心，看看大明星王菲的孩子就知道了，只要悉心呵护，经过及时序列治疗，孩子一样能健康成长。