维生素B12与甲钴胺在化学结构、作用机制和用途等方面存在差异。具体分析如下：

1. 化学结构：

维生素B12是一种复合维生素，由钴离子和一个四环碳的卟啉结构的辅基组成。相比之下，甲钴胺是维生素B12的一种活性形式，它由维生素B12分子与甲基结合形成。

2. 作用机制：

维生素B12在人体内主要参与嘌呤和嘧啶的合成，以及脂肪酸代谢等生化过程。而甲钴胺是一种重要的辅酶，参与人体内蛋白质、脂肪和碳水化合物的代谢，同时还具有保护神经系统和促进血液生成的作用。

3. 用途：

维生素B12主要用于治疗由维生素B12缺乏引起的贫血、神经系统疾病和消化系统疾病等。而甲钴胺通常用于治疗贫血、神经系统疾病、肝病和慢性疲劳综合征等疾病。

除了上述区别，维生素B12和甲钴胺在代谢方面也有不同。在使用这些药物时，需要注意遵循医生的指导，避免过度或不当使用，以免造成不良后果。