肛瘘患者最好的治疗方法就是手术治疗，因为患者惧怕手术的疼痛，往往会延迟治疗的时间，但是肛瘘手术如果治疗不当，也会复发，如何进行手术治疗呢?肛瘘手术治疗应遵循哪些原则呢?

一、彻底切除感染的肛隐窝，肛腺和肛腺导管，即正确找到和处理好内口，这是防止今后复发的关键。

二、保护肛门括约肌和肛管直肠环，否则，易导致肛门失禁的后遗症，给患者带来新的痛苦。

三、用探针探查瘘道和内口时宜轻柔仔细，正确寻找到瘘道后彻底清除管壁内纤维组织、腐肉和坏死组织，绝对不能粗暴，用探针探出一条“假瘘道”，结果切除的是假瘘道，导致真实的瘘道得不到处理。

四、一般主张在肛瘘充分形成后(最好是肛门直肠周围脓肿破溃或切排后二至三个月)，作一次性根治术，以减少病人的痛苦和复发率。在急性脓肿期作根治切除术并非良策。

五、术后创面要注意保持引流通畅，避免假性或桥形愈合以免复发。

可见，不手术或者手术不当都会给患者带来痛苦，所以要了解手术的原则，才能健康的手术。