通常情况下，当夜间睡觉时感到肚脐左侧疼痛而醒来，可能是由于胃食管逆流病、胃溃疡、肾结石等因素引起的。具体分析如下：

1、胃食管逆流病

胃食管逆流病是一种常见的消化系统问题，它是由于胃酸回流至食管而引起的。常常表现为胸部或腹部疼痛、反酸或嗳气等症状。在夜间，这种疼痛可能会因为睡姿的改变而进一步影响。医生可以建议患者使用西沙必利片、艾司奥美拉唑镁肠溶片等药物来缓解症状。

2、胃溃疡

胃溃疡通常是由于胃酸和胃液过多，损害了胃黏膜而引起的。如果溃疡位于肚脐左侧，夜间疼痛可能会因为对该区域的压力、刺激或变化而加重。患者可以在医生的指导下，使用雷贝拉唑钠肠溶片、兰索拉唑片等药物进行治疗。

3、肾结石

当肾结石从肾脏通过输尿管移动时，可能会引起疼痛，常常表现为下腹部或腰部的疼痛。在夜间，不同的体位或腹肌运动可能会影响肾结石的移动，从而加剧疼痛。建议患者及时就医，在医生的指导下进行体外冲击碎石术治疗。

除了上述常见因素外，还可能是肠痉挛、肠梗阻、肠易激综合征等因素引起的。建议及时到医院就诊，明确病因后进行针对性治疗。