孕囊形状不规则可能有多种原因，以下是一些常见的原因：

1. 子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，它会导致子宫内膜组织在卵巢或输卵管附近生长，形成不规则的孕囊。

2. 妊娠合并症：妊娠合并症是指怀孕期间出现的其他疾病或症状，如高血压、糖尿病等，这些疾病可能会影响孕囊的形态和大小。

3. 胎儿发育异常：胎儿发育异常也可能导致孕囊形态不规则。例如，胎儿的心脏发育不完全、缺氧等情况都可能导致孕囊形态不规则。

4. 自然流产：自然流产也可能导致孕囊形态不规则。当胚胎没有成功着床时，可能会出现早期流产或无妊娠反应等情况。

如果您怀疑自己患有妊娠合并症或其他疾病，请及时咨询医生进行诊断和治疗。