阴茎的分化与发育均有赖于体内的雄激素水平。雄激素是由睾丸的间质细胞分泌的，而睾丸的分泌功能是受脑垂体所分泌的促性腺激素控制的，脑垂体又受下丘脑分泌的促性腺激素释放激素的控制。

这样，下丘脑、脑垂体、睾丸就形成了三位一体的控制轴，专门负责性器官的发育。其中任何一个环节出了毛病，都可影响阴茎的发育而形成小阴茎。

小阴茎的常见原因有4种：

1.睾丸本身有病变，不能产生雄激素。

2.阴茎本身对雄激素不敏感，以致阴茎不发育。

3.迄今未查明原因的小阴茎，又称特发性小阴茎。

4.下丘脑或脑垂体有病变，不能下达让睾丸分泌雄激素的“指令”。

真正的小阴茎患者常常伴有性发育不良(如第二性征缺乏)、性功能障碍、无生育能力(无精子)。而在门诊常有因怀疑阴茎短小前来就诊的“患者”，实际上这些人全身发育正常，生殖系统也都正常。他们大多属于心理型，主要是对性发育认识不够，为此千万不要深陷自卑，自寻烦恼。