三个月宝宝厌食可能有多种原因，以下是一些常见的原因：

1. 消化不良：宝宝吃得太快或太饱，胃肠道对其进行消化过程不够完善，导致消化不良。

2. 缺乏营养：宝宝可能缺乏必要的营养物质，如蛋白质、维生素和矿物质等。

3. 食物过敏：宝宝可能对某些食物过敏，导致不适症状。

4. 消化系统问题：例如胃肠道感染、胆囊炎、胆石症等疾病都可能导致厌食。

建议您带宝宝去看医生进行检查，以确定具体原因并获得相应的治疗方案。同时，注意给予足够的营养和水分，避免过度喂养和刺激性食物。希望这些信息对您有所帮助。