疼痛瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。

排脓是肛瘘的主要症状。一般来说，新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭;瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水;若脓量增加，则表示新瘘管生成。

硬结或瘢痕由于瘘管壁及瘘口的反复刺激，使纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，常表现为瘘管周围皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形，触及条索状硬结通向肛门内。

多数无全身症状，当肛瘘侵犯范围较大较深或支管较多时，反复炎症感染，会导致消瘦、贫血、便秘、排便困难等全身症状。

肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉皮肤瘙痒。肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。