经期异常是一个常见的妇科问题，打了HPV第三针后月经一直不规律可能是由于生理或病理因素引起的。生理因素可能是由于HPV疫苗中的成分对子宫产生了刺激，但通常会在短期内自行缓解。

病理因素包括阴道炎和宫颈息肉等。阴道炎是由于女性阴道的菌群失衡，受到外界病菌的侵袭导致的。这会破坏阴道的平衡，引发炎症，导致月经不规律等症状。医生可能会建议使用甲硝唑栓剂或替硝唑片等药物治疗。

宫颈息肉可能由于激素水平失衡、宫颈管阻塞或长期炎症刺激等原因引起。宫颈息肉会导致宫颈口出现赘生物，造成黏膜损伤，进而引发月经异常。治疗时，可以前往正规医疗机构接受息肉切除手术。

除了阴道炎和宫颈息肉外，其他可能导致打了HPV第三针后月经不规律的因素还包括宫颈炎、子宫内膜炎和子宫内膜息肉等。在进行治疗期间，建议忌烟忌酒，以促进康复。

需要注意的是，如果您遇到月经异常的情况，最好咨询专业医生进行详细的诊断和治疗建议。